Działanie systemu reguluje aktualnie Ustawa z dnia 29 lipca 2005 r. o obrocie instrumentami finansowymi, implementująca postanowienia dyrektywy 97/9/WE Parlamentu Europejskiego i Rady w sprawie systemów rekompensat dla inwestorów.

KDPW jest członkiem stowarzyszonym European Forum of Deposit Insurers (EFDI), czyli organizacji zrzeszającej instytucje prowadzące systemy ochrony inwestorów na rynku kapitałowym.

Krajowy Depozyt prowadzi i zarządza Systemem Rekompensat, którego celem jest ochrona drobnych inwestorów na wypadek niewypłacalności domu maklerskiego lub banku, w którym inwestor prowadzi rachunek maklerski. W przypadku upadku takiej instytucji, KDPW wypłaca rekompensaty z tytułu utraty środków pieniężnych zapisanych na rachunkach pieniężnych i/lub utraconych instrumentów finansowych.

Nadzór nad funkcjonowaniem Systemu Rekompensat sprawuje Komisja Nadzoru Finansowego.

Warto pamiętać, że System Rekompensat jest mechanizmem posiłkowym wobec podstawowych instrumentów zapewniających bezpieczeństwo funkcjonowania rynku kapitałowego w Polsce i zabezpiecza w ograniczonym zakresie aktywa powierzone przez inwestora. Prawo do rekompensaty ze środków systemu rekompensat nie pozbawia inwestora możliwości dochodzenia pozostałych roszczeń bezpośrednio od firmy inwestycyjnej.